Суть такова, что при полностью нажатой педали газа автомат крутит вторую передачу в отсечку, секунду в нее долбит и переключает.
Я так полагаю, что передачи в автомата короче, нежели в родной коробке, а мозг переключает исходя из скорости, а не оборотов.
Можно как-нибудь сделать более ранее переключение?
Первую крутит до 6200, что тоже на грани

Не, нельзя. Только поменяв передаточное число главной пары, но это надо коробку разбирать. Это у тебя происходит из-за того, что коробка спортивная - она от ДВС 4A-GE, а там как раз вся жизнь на высоких оборотах происходит. Проще забить и не жать так педаль. На скорости 120 км/час при равномерном движении какие обороты?

Около 3х. Но еще прикол в том, что спидометр теперь показывает один в один по гпс)
Но одометр немного врет:( Получается, что и на другие колеса расчитан. То есть, грубо говоря, по старому спидометру 130 при 3 тысячах. На МТ были выше обороры.
А так по передаточным отношениям коробка самое то.

Тогда тем более забей.